Ф. Бэкон не только развивал идеи о том, как, в рамках какой методологии, следует проводить научные исследования. Его волновал также вопрос о том, как их правильно организовать. Он исходил из того, что в науке как в коллективном деле должно иметь место разделение труда, т. е. одни ученые должны заниматься собиранием фактов (составлением естественной истории), другие – когнитивной обработкой собранного материала (его «истолкованием», «opus interpretis»). Но если наука оказывается коллективным (корпоративным) предприятием, то возникает потребность в создании новой околонаучной бюрократии, которую сэр Фрэнсис намеревался возглавить. Это, естественно, ставило вопрос об отношении между теми, кто «добывает истину», и теми, кто организует сам процесс исследования. К этому вопросу Бэкон обратился в конце жизни, в сочинении под названием «Новая Атлантида».

Многое продумав и во многом разочаровавшись, Бэкон в итоге предложил весьма радикальную модель институализации новой науки, предусматривавшую создание жесткой иерархической замкнутой структуры, ядро которой образуют хорошо образованные «эпистемократы», наделенные широкими правами и властными полномочиями, настолько широкими, что роль монархической власти оказывается заметно ослабленной, а что касается методов достижения результата (т. е. высокой эффективности научной деятельности такого общества-ордена-института), то они могли быть самыми разнообразными: от обычного собирания фактов до воровства чужих открытий и изобретений. При этом от настойчиво пропагандировавшейся в «Instauratio» идеи научного исследования, предполагавшего свободный обмен информацией и демократическую организацию научного сообщества, в «New Atlantis» не осталось почти ничего.