Эпоха царя-реформатора стала одной из поворотных в истории императорских собраний. В это время Эрмитаж стал приобретать всё большую самостоятельность. Так, именно при Александре II в музее появляется первый директор. Изменился и состав покупаемых вещей: помимо картин (среди них два главных шедевра – «Мадонна Литта» Леонардо да Винчи и «Мадонна Конестабиле» Рафаэля), также активно приобретаются первоклассные коллекции античных древностей.