Славянофильское богословие было (сначала на самом деле, потом только лишь в самоощущении) богословием Хомякова. Хомяков, однако, «занимался богословием» с 1839 года до смерти в 1860 году, и за это время его богословие менялось, хотя друзья-славянофилы ничего не замечали. Декларации его раннего (1844-1845) произведения «Церковь одна» об устройстве и единстве Церкви нужно было как-нибудь обосновать, чем он стал заниматься в трех брошюрах, выходивших на французском языке в 1853, 1856 и 1858 годах. Здесь концепция Церкви как некоего органического единства поражает своим сходством с представлениями Шеллинга о растительном и животном мире, который, по Шеллингу, имеет в себе некое органическое начало, отличающее его от мира неживой природы.

Хомяков и на самом деле вдохновлялся Шеллингом, приспособив его теорию живой природы к учению о Церкви. Самым очевидным, но не самым интересным следствием такого подхода стало превращение Церкви в природное явление, а воплощения Христова — в природный процесс, подчиненный некоторой необходимости, детерминированный прошлым, а не целью творения (телеологией). Гораздо интереснее то, что такая схема заставила распространить весь этот детерминизм и на понятие греха, сделав его (и это у Хомякова заявлено эксплицитно) присущим всем тварным существам по необходимости. Так, не заметив этого, Хомяков присоединился к дуалистическим учениям, которым Шеллинг следовал сознательно: Шеллинг тут находился под влиянием Франца Баадера, который, в свою очередь, стал главным для первой четверти XIX века апостолом Якова Бёме, которого переоткрыли для себя всевозможные «иллюминаты» в конце XVIII века.

Хомяков не знал об этих корнях, и учение Баадера в чистом виде должно было вызывать у него отторжение или, скорее, отвращение, — но в оболочке позднего Шеллинга он его с увлечением проглотил. Так, незаметно для себя, Хомяков встал в длинную очередь последователей бёмианского дуализма с его верой в двух как бы богов, один из которых именовался у Беме Богом, а другой — Urgrund. Впоследствии эта линия богословия будет продолжена Владимиром Соловьевым, который в 1880-е годы перейдет к эксплицитному оккультизму и, одновременно, католичеству после своего разочарования в славянофильстве. Католичество Соловьева вызовет резкое отторжение у русских наследников де Местра, заметивших его оккультный подтекст.