Иннокентий III, умерший в 1219 году, был вероятно последним Римским Папой, власть которого распространялась и на церковь, и на королей. В третьем десятилетии XIII века религиозный энтузиазм постепенно снижается. Это видно хотя бы потому, что следующие крестовые походы (5, 7) организовываются в основном по инициативе светских правителей. Падение латинской империи (1261 год) и утрата последних крестоносных владений на востоке (1290-е годы) не привели к новому всплеску религиозного энтузиазма. Напротив, светская власть стремительно усиливается, и процесс над тамплиерами знаменует её торжество над властью духовной.
В XIV веке Авиньонское пленение пап и затем войны за святейший престол между папами и антипапами, продажа индульгенций, низкая образованность и высокие претензии духовенства ещё более осложняют отношения между руководством католической церкви и мирянами, которые зачастую оказываются лучшими христианами, чем сами церковники.
Попытки реформировать церковь мы встречаем и в Англии (Джон Уиклиф), в Чехии (Ян Гус), в Италии (Савонарола) и, наконец, выступление Лютера с 95 тезисами в Витенберге (1517 год) начинают эпоху реформации.
