Парадоксальность философии связана с проблематичностью выделения химии как науки, отличной от физики. Будучи наиболее разработанной в отечественной философии, в ней сочетается повторение трюизмов (например, таблица Менделеева или гомологические ряды органических соединений как проявление закона перехода количества в качество) с отсутствием рефлексии лакун базовых категорий (например, логического статуса понятия «вещество»).

При этом проблематично выделение объекта химии (реакции или молекулы индивидуальных веществ, их субстратное или структурное понимание, статус природных соединений), на фоне обсуждения сведения (редукции) химии к физике, почти не обсуждается граничный статус химии как сферы приложения инвариантного и популятивного подходов.